东晋荆州刺史恒玄掌握兵权，亲信部将占据帝国的三分之二。而执掌中央权力的司马元显自感受到恒玄的威胁，恰巧武昌郡长前来投靠要求做内应对抗恒玄，于是不顾中央物资贫乏决定讨伐恒玄。
公元402年，司马元显通过政府宣称恒玄的罪状，并封自己为骠骑大将军，征讨大都督，都督十八州诸军事，假黄钺，并于2月7日登上军舰，可是由于畏惧恒玄，并没有出发。
恒玄本以为朝廷内部问题很多无暇顾及自己，听到讨伐令大吃一惊，打算固守江陵自保。长史卞范之认为固守是自寻死路，只有挺进京畿才有机会。恒玄同意，一边写奏章抗辩，一边向京城挺进。一路上恒玄犹犹豫豫，唯恐不能成功，可过了寻阳还有没有见到朝廷的部队，才放心开始积极进取。2月18日斩皇家派来的和解使者齐王司马柔之，28日击败襄城郡长司马休之，豫州刺史司马尚之的部队。
司马元显自知不是恒玄的对手，这次讨伐主要依赖的是镇北将军刘牢之的北府兵团，他任命刘牢子为前锋都督以后，就每日饮酒不过问讨伐的事情。可是刘牢之一向厌恶司马元显，深怕恒玄一旦覆灭，司马元显无人牵制，又怕自己功大司马元显不能容忍。而且，刘牢之自恃掌握全国最精锐的部队，希望借恒玄铲除文武百官，然后再利用恒玄的弱点夺取政权。所以对于讨伐恒玄并不热心。
刘牢之驻军溧州，恒玄派他的堂舅何穆来游说他，刘牢之遂和恒玄联络。刘牢之外甥何无忌，参军刘裕竭力劝阻，刘牢之的儿子刘敬宣更举出董卓的事情表示反对。刘牢之都不同意，并说，今日击败恒玄易如反掌，可是消灭恒玄以后，该如何对付司马元显？
3月1日，刘牢之派儿子向恒玄投降，恒玄早有除掉刘牢之的想法，但表面上还是一味的安抚刘敬宣，并即时任命刘敬宣为咨议参军。
司马元显听说恒玄已到新亭，放弃舰队退保京城，当时京城都在传言恒玄已经兵临城下，于是人心惶惶，军队没有斗志。恒玄的先头部队刚刚到达，政府军就已经崩溃。3月4日恒玄进入京城，大封亲信，并封自己为总督百官，都督内外诸军事，丞相，录尚书事，扬州牧，徐，荆，江三州刺史，假黄钺。3月5日，斩司马元显及其党羽。
恒玄控制政府以后，马上任命刘牢之为会稽郡长，开始剥夺刘牢之的兵权。刘敬宣从京城返回京口建议刘牢之袭击恒玄，刘牢之犹豫不能决定，只把大营移到班渎（京城北），秘密和刘裕商量，希望和驻守广陵的高雅之联合袭击恒玄。但刘裕认为，恒玄声势正盛不可能成功。
最后，刘牢之还是决定起兵，召集众将商议。会上，参军刘袭觉得刘牢之之前反王恭，后来反司马元显，现在又要反恒玄，无法接受，拂袖而去。于是众将一哄而散，刘牢之发现自己已经无法控制军队，就让刘敬宣去京口接家小打算全家逃走，谁知刘敬宣耽误了归期，刘牢之疑神疑鬼的认为恒玄已经发现自己起兵的事并屠杀了自己的全家，遂率领自己的亲信向北逃走，在新洲精神崩溃自杀。刘敬宣赶到，发现父亲已死不敢停留，投奔江陵，属下将领装殓刘牢之的尸体运回丹徒。恒玄下令开棺，斩首尸体示众。
刘牢之从一个掌握帝国局势的角色，瞬间沦落到把自己吓死的地步，最失误的就是，他竟然认为恒玄是否掌握政府不会影响他们之间力量对比。诚然，经过王敦，苏峻，恒温，王恭多次事件之后，东晋政府的权威早已荡然无存，似乎只要哪个军阀有实力就可以派兵到京城对政府指手画脚一番。所以刘牢之也想当然的认为，恒玄控制政府以后，以自己强大的军力，大不了也像之前的军阀一样，击败恒玄再入京城控制政府。
可是，他错了，政府的权威虽然没有实质的力量，但却有强大的催化作用。当掌握政府的是军力赢弱，缺乏军事威望，没有才能的司马元显的时候，政府的权威为他增加的力量不过1倍2倍；可是一旦换成军容强大携前世余威的恒玄，政府的权威为他增加的力量何止千倍万倍？不止刘牢之手下部将受到影响毫无斗志，刘牢之自己不能立即反应又要联合其他军团–之前还说易如反掌–最后疑神疑鬼的精神崩溃，岂不是也是受到这种力量的影响？
大局一定英雄再无用武之地，刘牢之正是一例；而从恒玄的角度说，只要占据了有利的形势，再强的对手也有可能不攻自破。
小注：
1)东晋当时的皇帝是安帝司马德宗，据说天生哑巴，还是个穿衣不知道多少，吃饭不知道饥饱的人物。所以当时大权都有前任帝的弟弟司马道子执掌。可是司马道子只会喝酒，一次大醉之后被自己17岁的儿子司马元显夺权，此后司马元显就逐步的控制政府，死的时候也不过21岁。
2)司马元显讨伐恒玄时，东晋帝国刚经过孙恩之乱，京畿地区依赖的税赋粮饷来源的三吴地区被完全的破坏，而航运的破坏更是物资无法运入，整个京畿地区陷入饥荒，为讨伐征集的战士只能靠谷皮橡果充饥。
3)公元377年，东晋兖州刺史谢玄招募刘牢之等人组成精锐部队，担任前锋，屡战屡胜。378年，谢玄在淝水之战中挫败前秦大军，兼徐州刺史驻军京口。东晋人称京口为北府，这支军队也被称为北府兵，为东晋的第一精锐。后来，王恭执掌北府兵，屡次发兵威逼东晋政府，东晋政府秘密承诺如果刘牢之反王恭，即可以获得王恭的位置。后来王恭败亡，刘牢之才开始执掌北府兵。
4)恒温正逢北方大乱之时，出兵平蜀，之后数次北伐，威名远播。枋头大败之后，接受郗超的建议带兵入京废帝立威。恒玄是恒温的儿子，本身没有特殊的才能，但凭借恒温的余威和遍布朝野的恒氏家族，消灭殷仲堪和杨佺期成为一支举足轻重的势力。
5)刘裕一介布衣，据说曾一个人追杀2千多叛民。适逢孙恩之乱，屡破孙恩有功为刘牢之参军，恒玄入京后，放弃官位回到京口。后来，恒玄篡位，刘裕带领义军大破恒玄得以控制东晋政府。又数年，刘裕篡晋，建立南北朝时代南朝的第一个政权，宋。